Tipsというよりも、即席プログラムですが・・・。

#!/usr/bin/perl

use strict;

my %list;

while(<>){
  chomp;
  my $file=$_;
  open(IN , $file);
#  print $file;
  while(<IN>){
    if(/^Message-ID:\s+(.*)$/){
      my $messageid=$1;
      if($list{$messageid}){
	print "old ID=$messageid\n";
	print "delete $file\n";
	unlink $file;
      } else {
	$list{$messageid}=1;
      }
      last;
    }
  }
  close(IN);
}